Quận Marion được thành lập ngày 5 tháng 7 năm 1843, là một trong bốn khu (district) ban đầu của Lãnh thổ Oregon cùng với Twality (sau này là Quận Washington), Clackamas, và Yamhill. Bốn khu này sau đó được đặt thành các quận (county) vào năm 1845.

Ban đầu, phân khu chính trị này trải dài về phía nam đến tận biên giới California và về phía đông đến Rặng Thạch Sơn. Với việc thành lập các quận Wasco, Linn, Polk và những quận khác, diện tích của nó bị thu hẹp lại. Ranh giới địa lý hiện tại của Quận Marion được thiết lập vào năm 1856.

Năm 1849 Salem được đặt thành quận lỵ. Thủ phủ lãnh thổ được dời từ Thành phố Oregon đến Salem năm 1852. Việc tranh cãi về vị trí của thủ đô được giải quyết năm 1864 khi Salem được xác nhận là thủ phủ của tiểu bang Oregon.